Für QNG können zusätzliche Kosten entstehen. Dazu gehören insbesondere die Leistungen des Nachhaltigkeitsauditors, die Zertifizierung, zusätzliche Dokumentation und mögliche Anpassungen bei Materialien oder Ausführung.
Eine pauschale Summe lässt sich seriös nicht nennen, weil Aufwand und Kosten vom Projekt, vom Bewertungssystem, vom Gebäude, von der Materialauswahl und vom Umfang der Dokumentation abhängen. Häufig werden am Markt mehrere tausend Euro genannt; verbindlich ist jedoch immer die konkrete Projektkalkulation.
Ob sich QNG wirtschaftlich lohnt, sollte daher nicht nur anhand des höheren Kreditrahmens geprüft werden. Entscheidend ist, wie sich Zusatzkosten, Fördervorteil, Zinssatz und langfristige Nachhaltigkeitsziele im konkreten Projekt zueinander verhalten.